১৯৬৪ সালে ঢাকা, নারায়ণগঞ্জের আদমজীসহ বিভিন্ন এলাকায় মুসলিম ও হিন্দুদের মাঝে সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা ছড়িয়ে পড়ে।
পরিস্থিতি আরও জটিল আকার ধারণ করে যখন বিভিন্ন স্থানে বাঙালি ও বিহারীদের মাঝে সংঘর্ষের ঘটনা শুরু হয়। দাঙ্গায় প্রতিদিন অসংখ্য মানুষের মৃত্যু ঘটছিল এবং অবাধে চলছিল লুটপাট ও অগ্নিসংযোগ। দাঙ্গায় গৃহহীন হয়ে পড়ে শত শত মানুষ। সরকারবিরোধী মনোভাব অন্যদিকে ঘুরিয়ে দেয়ার জন্য এসময় আইয়ুব সরকার এই দাঙ্গাকে আরও উৎসাহিত করে। এমন সময় আওয়ামী লীগগঠন করে ‘প্রতিরোধ কমিটি’, যা বিভিন্ন দাঙ্গা উপদ্রুত অঞ্চলে শান্তি ফিরিয়ে আনতে কাজ শুরু করে। এতে শেখ মুজিবের প্রতি অত্যন্ত ক্ষুব্ধ হয় আইয়ুব সরকার এবং তাঁর বিরুদ্ধে মামলা দায়ের করা হয়।