ইয়াহিয়া খান বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবর রহমানের সাথে আলোচনা শুরু করেন। কিন্তু এই আলোচনা ছিল বাঙালিদের সাথে প্রতারণার এক কৌশলমাত্র। এই আলোচনার ফাঁকে গোপনে পাকিস্তানি শাসক গোষ্ঠী পশ্চিম পাকিস্তান থেকে বিপুল পরিমাণ অস্ত্র এবং গোলাবারুদ এনে পূর্ব পাকিস্তানে জমা করতে থাকে। ২৫ শে মার্চ মধ্যরাতে পাক সেনাবাহিনী নিরস্ত্র বাঙালিদের উপর ঝাঁপিয়ে পড়ে। শুরু হয় “অপারেশন সার্চলাইট” নামে ইতিহাসের বর্বরতম গণহত্যার। হত্যাকাণ্ড শুরুর কিছুক্ষণ পরই, ২৬শে মার্চের প্রথম প্রহরে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বাংলাদেশের স্বাধীনতা ঘোষণা করেন। এই ঘোষণাটি ঢাকা এবং চট্টগ্রামে দলের নেতাকর্মীদের কাছে ইপিআর-এর ওয়্যারলেস এর মাধ্যমে গোপনে পৌঁছানোর ব্যাবস্থা করা হয়।
বঙ্গবন্ধু স্বাধীনতা ঘোষণার পরপরই দেশব্যাপী শুরু হয় সশস্ত্র প্রতিরোধ, শুরু হয় মুক্তিসংগ্রাম। বঙ্গবন্ধু স্বাধীনতা ঘোষণার কিছুক্ষণ পরেই পাক সামরিক জান্তা তাঁকে তাঁর ধানমণ্ডি ৩২ নম্বরের বাসভবন থেকে গ্রেপ্তার করে নিয়ে যায়। এরপর তাঁকে পশ্চিম পাকিস্তানে নিয়ে যাওয়া হয়। এর কিছুদিন পর ১০ই এপ্রিল ১৯৭১ সালে আওয়ামী লীগের নির্বাচিত গণপ্রতিনিধিরা এক বিবৃতি দেন। এই বিবৃতি স্বাধীনতার সাংবিধানিক ঘোষণা নামে পরিচিত। শেখ মুজিবুর রহমানকে রাষ্ট্রপতি এবং সশস্ত্র বাহিনীর প্রধান হিসেবে ঘোষণা করা হয়। সৈয়দ নজরুল ইসলামকে উপ-রাষ্ট্রপতি এবং তাজউদ্দীন আহমেদকে প্রধানমন্ত্রী নিযুক্ত করে মুজিবনগরে বাংলাদেশের প্রথম সরকার প্রতিষ্ঠিত হয়। ১৭ই এপ্রিল ১৯৭১ সালে মুজিবনগর সরকার গণপ্রতিনিধি, আওয়ামী লীগের নেতাকর্মী, মুক্তিযোদ্ধা, দেশি-বিদেশি সাংবাদিক এবং লাখো সাধারণ মানুষের সামনে শপথ গ্রহণ করে।
বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে স্বাধীনতা যুদ্ধের সর্বাধিনায়ক ঘোষণা করে সদ্যগঠিত এই সরকার। মুজিবনগর সরকার গঠিত হওয়ার পর পুরোদমে দেশব্যাপী স্বাধীনতা যুদ্ধ শুরু হয়। মুক্তিবাহিনী পুরো দেশ জুড়ে পাকবাহিনীর উপর গেরিলা আক্রমণ শুরু করে এবং খুব অল্প সময়ের মধ্যেই তাদেরকে তাদের সেনানিবাসের ভেতর আটকে ফেলে। ৩রা ডিসেম্বর পাকবাহিনী মরিয়া হয়ে ভারতের উপর বিমান হামলা চালায়। এর ফলে পাকিস্তান এবং ভারতের মধ্যে যুদ্ধ বেধে যায়। মুক্তি বাহিনী এবং ভারতীয় বাহিনী এই দুই বাহিনী মিলে মিত্র বাহিনী গঠন করে পাক সেনাবাহিনীর উপর ঝাঁপিয়ে পড়ে। ৬ই ডিসেম্বর স্বাধীন রাষ্ট্র হিসেবে বাংলাদেশকে স্বীকৃতি দেয় ভারত। দীর্ঘ ৯ মাসের রক্তক্ষয়ী যুদ্ধের পর ১৬ই ডিসেম্বর ১৯৭১ সালে ৯৩,০০০ পাকিস্তানি সৈন্য ঢাকার রেসকোর্স ময়দানে ভারত এবং বাংলাদেশের যৌথ নেতৃত্বের কাছে আত্মসমর্পণ করে। এর ফলে পৃথিবীর মানচিত্রে বাংলাদেশ নামে একটি স্বাধীন রাষ্ট্র জন্মলাভ করে।